Pendlerkids handler om en gruppe børn, der hver anden weekend kører med børnetoget mellem Sjælland og Jylland.
I toget møder Kasper, Tobias og Marie på 12 år hinanden. De tre finder ud af, at de har talent for musik til fælles. Sammen danner de bandet Pendlerkids, og sammen bearbejder de både problemer og drømme, når de skriver sange om deres liv. Men efterhånden som bandet bliver bedre, opstår der jalousi hos andre børn i toget, og da en kendt musikproducer viser bandet interesse, opstår der konflikter, der truer med at splitte venskabet mellem de tre børn.