Katastrofen rammer elitestyrken G.I. Joe lige efter en ellers heldigt gennemført operation mod et atommissil-anlæg i Pakistans ørken. Gruppen falder i baghold. Nogen har forrådt dem. Det viser sig snart, at den hemmelige organisation, Cobra, har overlevet deres sidste sammenstød og har infiltreret selve det amerikanske forsvar. Duke, hans næstkommanderende, Roadblock og hans lille kerne af specialister - den uregerlige Flint, skarpskytten Lady Jaye, ninjaen Snake Eyes og hans protegé Jinx - må atter jage fjenden fra Tokyos skyskrabere til Himalayas tinder og selv til Washingtons gader. Mod sig har den bl.a. bombeeksperten Firefly, ninjaen Shadow Storm samt en spion, der er trængt ind i toppen af selve det land, G.I. Joe skal forsvare. Heldigvis finder G.I. Joe en allieret i gruppens oprindelige stifter, Joe Colton, der stadig kan sparke røv.
